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Temporada 8 - ¿Qué aprendemos?
Mulder sigue desaparecido y sorprendentemente se revela que se estaba muriendo antes de su desaparición. Esta es una de las varias revelaciones que vienen a la luz en la búsqueda infructuosa de la agente del FBI. Durante las etapas iniciales de la investigación también aprendemos que Gibson Praise todavía está vivo y viviendo en Arizona. Es aquí donde Scully y el Agente Doggett, que dirige la búsqueda de Mulder, descubre lo que creen que es Mulder, pero que más tarde resulta ser un Cazador de Extraterrestres asumir su forma. El objetivo de la Bounty Hunter es tomar distancia Gibson. Aunque Doggett es incapaz de localizar socio falta de Scully que se asigna a los Expedientes X en ausencia de Mulder.
El contraste entre Doggett y Mulder es casi tan pronunciado como panza de Scully y las grandes preguntas de la temporada 8 se centran alrededor de su embarazo. Se plantean preguntas sobre si el bebé de Scully es ajeno o no, si Mulder es realmente el padre, y si otras madres embarazadas humanos han dado a luz a bebés extranjeros. Knowle Rohrer se introduce como un jugador con sombra en esta nueva conspiración que también involucra a los súper soldados.
Antes de la verdadera amenaza de los súper soldados se revela Mulder es devuelto por los extranjeros, junto con otros secuestrados desde Bellfleur, Oregón. Inicialmente parece que Mulder está muerto, y él está enterrado durante tres meses. Sin embargo, cuando se devuelve Billy Miles, pero se encontró que apenas vivo, se tomó la decisión de exhumar Mulder. Se hace evidente que al igual que Billy Miles que ha sido infectado con un nuevo tipo de virus alienígena que lo convertirá en un híbrido extraterrestre / humano y, finalmente, un Super Soldado. Mulder se salva de esta suerte, cuando Skinner toma la decisión de quitarlo de soporte de vida, lo que resulta que ha sido ayudar al virus.
Durante el tiempo que estaban siendo devueltos a los secuestrados que también estaban siendo rescatados por Jeremiah Smith, con la ayuda de un líder de culto llamado Absalón y su grupo de seguidores. Jeremiah Smith sanó a los regresaron y les impidió convertirse en súper soldados. Absolom afirma que una invasión extraterrestre comenzó en el milenio, Mulder cree que ciertas personas están siendo objeto de sustitución por super soldados. Absolom finalmente se disparó, un destino escapado por Doggett y Mulder, que fueron creados por Rohrer, después de haber sido llevado a la oficina de censo de Estados Unidos con la promesa de las pruebas para la focalización de los para ser sustituido por los alienígenas ultra potentes.
A pesar de un milagroso regreso a la vida, y salvado por los pelos de la muerte, la solicitud de Mulder a ser reintegrado a la X-Files es negado. Sin embargo, él se las arregla para investigar Expediente X, incluido un rendimiento del Aceite Negro en una plataforma petrolífera en el Golfo de Nuevo México. El caso reúne elementos de los encuentros previos con el Aceite Negro, incluyendo el hecho de que existen depósitos de bajo tierra (como en El X-Files: Fight the Future) Y que los infectados por el que se puede irradiar a sus víctimas (como en el 3 × 15 `Piper Maru`). También descubrimos que los infectados son capaces de hacer contacto con las naves extraterrestres a través de ondas de radio y que los nativos americanos son inmunes al virus.
Al final de la temporada se hace evidente que los temores de Scully sobre su embarazo eran ciertas y que ha sido objeto de seguimiento. Sin embargo, William nace de forma segura y aunque Scully y Reyes descienden al por Super Soldados, deciden dejar solo al bebé después de su nacimiento.
Temporada 8 - ¿Qué aprendemos?