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Temporada 9 - Lo que aprendemos
Temporada 9 comienza con un encubrimiento como las cintas de seguridad, que deben demostrar lo que ocurrió en el estacionamiento del FBI al final de la temporada anterior, se han manipulado y mostrar nada para apoyar la versión de Mulder y Doggett de los acontecimientos. Está claro que la conspiración contra Mulder y los X-Files continúa, y con el aumento de la Súper Soldado y temores acerca de la seguridad de William, Mulder decide abandonar.
No mucho tiempo después de la salida de Mulder se descubre que el suministro de agua está siendo manipulado para prepararse para la colonización alienígena inminente, el purgado de la población a la generación de un súper soldados. Rogue Súper Soldado Shannon McMahon encuentra Doggett y explica la historia del programa Súper Soldado, que han estado en desarrollo durante 50 años, y le dice a Scully que William podría ser uno de ellos. McMahon les lleva a un barco de la marina de la Segunda Guerra Mundial, donde atracó experimentos han llevado a cabo en secreto en óvulos humanos.
Mientras Scully teme por lo que William podría ser que es engañado para llevar a Mulder de su escondite por un súper soldado haciéndose pasar por un agente de la NSA. Scully no ve a Mulder a la cita designado en una estación de tren mientras Mulder está al tanto de la trama y se mantiene un paso por delante del Súper Soldado. Mulder se queda en el tren, siendo perseguido por su enemigo aparentemente indestructible, lo que conduce a una cantera donde ha derrotado. Se hace evidente que Mulder ha descubierto la debilidad de las Súper Soldados en el tiempo que ha estado fuera - un metal raro llamado magnetita. La cantera contiene una vena de la magnetita y resulta mortal para el Súper Soldado. Scully se deja al enfrentamiento con el enemigo no tan invencible y Mulder se retira a esconderse.
Aunque el descubrimiento de Mulder les da una ventaja sobre los súper soldados todavía hay muchas preguntas que quedan sobre William. Cuando calcos de una nave espacial, similares a las Scully hizo al final de la temporada 6, alcanzan el FBI se descubre que un culto OVNI está excavando la nave espacial en Canadá y es después de Guillermo. Tras el secuestro de William por miembros de la secta, Scully se entera de que Mulder y William son parte de una profecía - si sobrevive Mulder William se convierte en el salvador de la raza humana, si Mulder muere William se convierte en una fuerza del mal. Scully y Reyes logran localizar a William antes de que algo le sucede a él, llegando a encontrar el levantamiento de la nave espacial fuera excavado, el culto OVNI muertos y William vivo entre los escombros.
sorpresivo regreso de Jeffrey Spender hacia el final de la temporada inicia una serie de eventos que conducirán a William ser dado en adopción. Que en última instancia administra una inyección de magnetita a William, la eliminación de sus habilidades especiales y convertirlo en un niño normal. Sin embargo, sus comentarios indican que los extraterrestres nunca detener la búsqueda de William, lo que lleva a Scully que tomar la difícil decisión de darle en adopción. Spender también revela que estaba actuando por despecho de su padre, CSM, y que después de que el Sindicato fue destruido a su padre tabaquismo comenzó una nueva conspiración.
Después de la adopción de William Mulder sale de su escondite para infiltrarse en el complejo de Mount Weather Militar donde se entera de la fecha para la colonización de la tierra de extranjeros - 22 de de diciembre de 2012. No pasa mucho tiempo antes de que él ha descubierto por Knowle Rohrer que casi atrapa Mulder, pero se lanza sobre una barandilla por el agente del FBI y de los cables eléctricos por debajo. Mulder es arrestado por el asesinato de Rohrer y que está sometido a un juicio amañado, que resulta ser una confirmación de algunos de los puntos a largo inciertos de la conspiración alienígena por algunas de las personas clave que habían participado, incluyendo Marita Covarrubias , Gibson Praise y Jeffrey Spender. Aunque Mulder está condenado a muerte por inyección letal, Skinner, Doggett, Reyes, Scully - y sorprendentemente Kersh - le ayudan a escapar de su celda.
Después de ignorar el consejo de Kersh para salir del país Mulder y Scully buscan informante de Mulder que le ayudó a ganar acceso al Complejo Mount Weather. Resulta ser CSM, escondido en las rocas de la magnetita-rica de Nuevo México. Se van dejando CSM a ser destruido por misiles desde helicópteros militares y la serie termina en una habitación de motel, con Mulder y Scully tanto estar de acuerdo nunca darse por vencido su búsqueda de la verdad.
Temporada 9 - Lo que aprendemos